Ang pag-inom ng antibiotic o anti-amoeba na gamot na ni-reseta ng doktor ang tanging paraan para magamot ang pagkakaroon ng impeksyon ng amoeba sa bituka. Depende rin ito sa kung gaano kalala ang kondisyon na nararanasan. Maaring painumin ng isang gamot lamang, o kaya naman gawing dalawa kung matindi ang sintomas na nararanasan. Ang mga gamot na kadalasang binibigay ay metronidazole, tinidazole at paromomycin.
